薄層色譜法的應用范圍大大超過了紙色譜法，主要是由于其展速快、靈敏度及分辨率較高，顯色劑選擇性大，以及制備薄層的載量較大。有一個階段薄層色譜法被認為只是一種定性和半定量的方法，因為薄層色譜法在儀器自動化程度、分辨率及重現性等方面不如氣相色譜法及液相色譜法。但是薄層色譜法有以下特點：對被分離物質的性質沒有限制，使用范圍較廣；固定相使用一次，故樣品預處理比較簡單；平面薄層具有多路柱效應，可同時進行多個樣品的分離，所以樣品分析的時間短；優化展開劑的組成非常方便；不受一種檢測器的限制，在同一色譜上可根據被分離化合物的性質選擇多種檢測方法進行定性或定量，并且可以重復測定；得到一個典型色譜圖時，可以掃描或彩色攝影*保存；當吸附劑化、定量分析儀器化、自動化后，提高了薄層色譜的分辨率及重現性。因此氣相色譜法和液相色譜法不能代替薄層色譜法。在實際工作中薄層色譜法仍是被廣泛應用的一種方法，每年數以千計的平面色譜應用文獻中，主要是有關薄層色譜法的內容。在應用中根據粗略統計，醫藥方面約占30%，臨床、生化等約占25%，環境化學約占15%，食品、農業約占10%，無機及金屬有機化合物約占5%，其他方面約占15%，所解決的問題也是方方面面的。